Universiteit Leiden

HPC CASE STUDY UNIVERSITEIT LEIDEN

ALICE IN COMPUTING WONDERLAND

CVIS Universiteit Leiden HPC

Universiteit Leiden is met trots de oudste universiteit van Nederland, maar blijft desondanks zeer modern op technologisch gebied. A.L.I.C.E. (Academic Leiden Interdisciplinary Computing Environment) is namelijk het nieuwste HPC rekenwonder van Universiteit Leiden. Met de naam ALICE wordt verwezen naar het historisch sprookjesverhaal uit 1865.

De oplevering van de  ALICE HPC rekencluster vormt de eerste stap naar de ontwikkeling van een platform voor reken- en dataintensief onderzoek, dat voor iedereen binnen Universiteit Leiden en het Leid Universitair Medisch Centrum (LUMC) toegankelijk is. Dit geldt zowel voor ervaren gebruikers van High Performance Computing, als niet-experts, zoals studenten, die willen leren werken met High Performance Computing. Hoe is deze innovatie tot stand gekomen?

Universiteit Leiden ALICE HPC cluster

Een externe partij wordt ingeschakeld

Universiteit Leiden bevat diverse uiteenlopende faculteiten. Van Geneeskunde tot Archeologie en van Geesteswetenschappen tot Wiskunde- en Natuurwetenschappen. Dit is een universiteit waar kwaliteit hoog in het vaandel staat. Dat bewijst alleen al het aantal Nobelprijswinnaars dat verbonden is met deze universiteit, met als bekendste naam Albert Einstein, die tevens benoemd werd tot bijzonder hoogleraar door de universiteit.

Een overvloed aan deskundigheid is zonder meer aanwezig. Toch volgen technologische ontwikkelingen elkaar tegenwoordig zó snel op, dat er behoefte is aan een externe, specialistische partij die deze ontwikkelingen continu, op de voet volgt. Wat geeft de doorslag voor Universiteit Leiden om CVIS als partner te kiezen?

Universiteit Leiden ALICE HPC cluster

‘Het vertrouwen dat CVIS ons gaf, was doorslaggevend’

Eén van de kritische factoren die Universiteit Leiden belangrijk vindt bij het kiezen van een geschikte partner, is de deskundigheid en ervaring van de partij. Na het voeren van een aantal gesprekken wordt het voor Universiteit Leiden duidelijk dat de kennis van zaken ruimschoots aanwezig is bij CVIS. Hiermee is CVIS als kennispartij van toegevoegde waarde en bespaart dit Universiteit Leiden het doorlopen van een lange leercurve. Door verschillende gesprekken en het lezen van diverse referenties, ontstaat er voldoende vertrouwen voor een samenwerking tussen de universiteit en CVIS.

De samenwerking gaat van start

Universiteit Leiden is een organisatie die bekend staat om haar persoonlijke sfeer. De samenwerking met CVIS voelt daarom meteen goed aan, CVIS kenmerkt zich namelijk eveneens door een persoonlijke benadering, met korte communicatielijnen. Hierdoor is het gemakkelijk communiceren tussen beide organisaties in het begin van het proces en maakt het de drempel laag om elkaar te bereiken bij eventuele vragen later in het proces.

’Het is fijn dat CVIS zich aan het gestelde budget hield’

De installatie van High Performance Computing vergt natuurlijk ook een investering. Zeker bij overheidsinstellingen zoals universiteiten moeten uitgaven goed worden verantwoord. Tijdens de eerste meetings worden kosten vooraf helder en transparant in kaart gebracht. Universiteit Leiden waardeert ook het feit dat het gestelde budget uiteindelijk niet overschreden wordt door CVIS. Wat levert deze investering de universiteit uiteindelijk op?

Hoogleraar numerieke sterdynamica Simon Portegies Zwart onderstreept het belang van  het hebben van voldoende rekenkracht voor de sterrenkunde.

Universiteit Leiden ALICE Simon Portegies Zwart

‘Op een computer kun je met de juiste software allerlei ruimteverschijnselen simuleren. Supercomputers helpen onderzoekers het heelal nog een stuk beter te begrijpen: naar mate de onderzoeker toegang heeft tot krachtigere computers, kunnen grotere, realistischere en spannendere scenario’s worden nagebootst, waaronder het op elkaar laten botsen van sterrenstelsels en zwarte gaten.’

De oplevering van de ALICE HPC cluster maakt het voor Universiteit Leiden dus mogelijk om op uiteenlopende wetenschappelijke terreinen allerlei soorten onderzoek te verrichten. Van onderzoek naar kunstmatige intelligentie of het heelal, tot studenten die opleidingen volgen over reken- en data-intensief onderzoek.

Kortom, High Performance Computing vormt een interessante hedendaagse technologische ontwikkeling, die steeds belangrijker wordt voor research en innovatie. Deze technologie levert systemen op die 10.000 tot wel 100.000 keer sneller kunnen werken dan gewone computers. Onmisbaar dus bij complexe berekeningen, waarbij veel rekenkracht vereist is.

Of het nu gaat om onderzoek naar een medicijn voor (tot nog toe) ongeneeslijke ziekten of om onderzoek naar de grenzen van het heelal: niets is onmogelijk met HPC!

De wereld is klaar voor jouw volgende innovatie. Ga jij ook de grenzen verleggen?

Universiteit Leiden ALICE HPC Cluster

Ontdek de wereld van HPC en neem direct contact op met CVIS! Vul hier het contactformulier in of bel ons via (0411) 68 96 94.

Damen Shipyards

Voor Damen Shipyards heeft CVIS een high-performance computing (HPC)-omgeving in Microsoft Azure gerealiseerd. De specifieke uitdaging van dit project lag hierin, dat het draaien in de cloud een dynamische omgeving vereiste. Als operating system (OS) is gekozen voor CentOS 7 en als Scheduler voor Torque/Maui. Op basis van CVIS gebouwde scripts is de omgeving dynamisch gemaakt. Aan de hand van de gevraagde capaciteit worden automatisch een aantal machines opgestart om de berekening te kunnen draaien.

BaseClear

“Goede recensies CVIS aanleiding om samenwerking te starten”

Je kunt als bedrijf zelf wel een verhaal vertellen, maar het is beter dat een klant dat voor je doet. Het in Boxtel gevestigde CVIS deelt deze mening. Aan het woord is Walter Pirovano van het Leidense BaseClear BV. De director bioinformatics vertelt over de samenwerking tussen beide partijen.

BaseClear BV, is het grootste onafhankelijke DNA-analyse laboratorium van Nederland. Het bedrijf biedt DNA-services aan in de breedste zin van het woord. “Denk daarbij aan projectadvies, sample behandeling, sequencing, data-analyse en interpretatie”, aldus Pirovano. In de razendsnelle ontwikkelingen die zich binnen deze technologische sector, staat het voor zich dat een goede IT-omgeving onmisbaar is. Zodoende kwam het bedrijf in contact met CVIS dat actief is in high performance computing.

Goede recensies CVIS
Pirovano, wanneer hem wordt gevraagd over hoe de samenwerking is ontstaan: “Wij zijn door CVIS benaderd nadat zij voor een ander bedrijf (ZF-screens) waar BaseClear veel mee samenwerkt een opdracht hebben uitgevoerd.” Er waren meerdere redenen om met CVIS in zee te gaan. Pirovano: “Onze voormalige systeembeheerder gaf aan onze Linux systemen niet meer te willen supporten en hun capaciteit was behoorlijk uitgedund. Hierdoor waren wij op zoek naar een partij die onze ‘Genomics Business’ goed begreep. Ik hoorde goede recensies van andere partijen over CVIS. Daarbij kwam dat ze ervaring hadden met zowel on-premise, hybrid als cloudoplossingen.”

Omgeving professionaliseren en verbeteren
Naast dat CVIS het systeembeheer aangaande de Linux high-performance rekenomgeving van BaseClear overnam, kwam ook de vraag naar voren om dit gedeelte van de ICT-omgeving te professionaliseren en te verbeteren. “Dit had als doel om op termijn over te stappen op een hybrid cloud oplosing”, spreekt Pirovano. “Dit is goed gelukt, mede dankzij de zeer goede contacten die wij met CVIS onderhouden. We hebben zowel contact met technici/support als accountmanagers.

Pirovano vervolgt: “De samenwerking heeft ons veel positiefs opgeleverd. We hebben meer ‘rust’ in onze Linux rekenomgeving. Het systeem is stabieler en we hebben mogelijkheden besproken voor nieuwe toepassingen zoals storage solutions en Software as a Service-oplossingen. Dit kan op termijn nieuwe business voor BaseClear opleveren.”

Almaar positieve woorden voor het Boxtelse CVIS. Heeft Pirovano ook nog aandachtspunten die hij wilt meegeven aan de organisatie? “De communicatie verloopt erg goed en dat ervaren wij als erg prettig. Problemen worden netjes opgelost. Pas wel op voor de overdraagbaarheid van taken zodat niet alleen maar een paar mensen de kneepjes van ons systeem weten”, besluit Pirovano.

Over BaseClear

Hoe is jullie organisatie ontstaan?
“BaseClear is meer dan 20 jaar geleden als kleine onderneming gestart na hun studie door de huidige eigenaren van het bedrijf, Bas Reichert en Erna Barel. Inmiddels is BaseClear uitgegroeid is het grootste onafhankelijke DNA analyse laboratorium van Nederland.”

Wat maakt jullie organisatie uniek?
“BaseClear werkt vanuit een aantal kernwaarden waaronder: kwaliteit, snelheid, communicatie, flexibiliteit en een hoog kennisniveau. Deze kernwaarden zitten diep ingebakken in de organisatie waardoor BaseClear de nieuwste DNA analyse technieken in de praktijk toepasbaar voor een breed scala aan klanten. Uniek hierin is ook onze kennis op microbieel gebied: BaseClear heeft diverse specialisten in dienst die van de hoed en de rand weten als het aankomt op DNA onderzoek naar virussen, bacteriën, schimmels en gisten.” 

Wat is jullie betrokkenheid bij de regio?
“De betrokkenheid is erg groot bij de regio waar wij gevestigd zijn: Leiden. Ten eerste het Biosciencepark, haar kracht is de unieke aanwezigheid van een breed scala aan bedrijven en onderzoeksinstellingen waaronder de Universiteit, de Hogeschool, het LUMC, belangrijke multinationals, Naturalis biodiversity center, diverse SME’s en – ook fundamenteel – een goed klimaat voor start-up companies. Op veel thema’s wordt er samengewerkt tussen al deze partijen en hierdoor is het een van de meest bloeiende bioscienceparken van Europa. BaseClear profiteert van dit energieke maar ook stabiele klimaat, maar investeert ook sterk in de samenwerkingen. Zo nemen wij al een aantal jaren deel in Generade, een center of expertise in genoom onderzoek dat ontstaan is uit de bundeling van krachten van het LUMC, Naturalis, de Universiteit Leiden en de Hogeschool Leiden. Meer recentelijk zijn wij nieuwe samenwerkingen gestart met o.a. Dümmen Orange om de veredeling en productie van de tulp te versnellen en te verduurzamen, en daarnaast zelfs ook een joint venture gestart met de Universiteit Leiden, genaamde Future Genomics, waarbij zeer vooruitstrevende DNA technieken i.c.m. academische kennis worden ingezet om moderne toepassingen te ontwikkelen voor de markt, en zo klanten al vroeg toegang te geven tot de meest geavanceerde technologieën.“

Call Now Button